Как убрать из отсканированного документа рукописные символы?

Автоматически с помощью специальных программ - никак. Только вручную. Так будет быстрее.

Если отсканированный документ сохранен как изображение, то тогда правка возможна в Photoshop, а если в FineReadere, то передать документ в Word и редактировать его там.

Лучше делать всё в Fine Reader, там можно стирать ненужное, распознавать и там же редактировать, что очень удобно, есть крупный план, всё хорошо разделено на три окна в одном, не надо бегать от рисунка в Word. Верстал методички, знаю толк ;)