Отвечает Shurovik:
Меню Streams -> Stream list. В контекстном меню на соответствующей дорожке выбрать пункт "Interleaving". Там в разделе Audio Skew correction поставить нужное значение задержки в секундах (положительные значения, если звук опережает видео, отрицательные - если видео опережает звук).
Отвечает Shurovik:
Добавлено: Если это не поможет (рассинхронизация непостоянна), то попробуйте другие рипперы. Например, очень хорош Auto Gordian Knot.