Мой антивирус AntiVir (последней версии) находит троян TR/RKit.Agent.AE, затем пишет, что не может удалить его прямо сейчас и удалит при следующей перезагрузке системы. Однако после перезагрузки ничего не происходит, а троян при сканировании находиться снова и история повторяется. Что делать?

Просмотрите имя его файла, возможно, он в момент сканирования сидит в памяти. Выгрузите его процесс через Диспетчер задач и попробуйте провести сканирование снова.

Попробуйте просканировать в безопасном режиме. Для этого при загрузке нажмите F7 или F8 (точно не помню).

загрузиться в безопасном режиме, найти (msconfig, regedit) все подозрительные службы и ссылки и удалить (при работе с реестром, предварительно сохраняйте удалемые ветки, мало ли что), по ссылкам из реестра найти файл, удалить. Поменять антивирус на другой NAV, Drweb, Kasper или NOD по вкусу + поставить Adaware Pro c AdAwach-ем, (АдАуочу, поставить автозагрузку, активировать и !отключить! автоматическое принятие решений о блокировке\разрешении изменений в реестре - будет выскакивать окно, зато будет видно, кто что пытается записать в реестр, и соответственно заблокировать, не стоит в этом доверять автоматике).

Проведите проверку и удаление в Безопасном режиме (нажмите F8 в начале загрузки системы и выберите Безопасный режим). При этом не будет отрабатываться автозагрузка, троян не будет висеть в памяти и сможет быть удален.

Поменяй антивирусник! Проблема исчезнет сама собой!