Как же удалить trojan если он в архиве?

Распаковать архив - вылечить файлы - упаковать вновь.

Удалить архив вместе с трояном, или лечить антитрояном. В крайнем случае распакуйте архив и удалите троян.

Распаковать архив, удалить троян, запаковать обратно. Или воспользоваться антивирусом, который делает это автоматом (Антивирус Касперского, например, лечит архивы).

Пятый Касперский лечит архивы, а вообще, архив можно распаковать, вылечить и запаковать обратно.