Как можно сделать, чтобы при запуске незарегистрированной программы не открывалось окно, напоминающее о необходимости уплаты или регистрации? Может, что-то в реестре можно подправить?

Для этого нужно заплатить автору программы и зарегистрировать ее.

Заплатить за программу. Единственное решение.

Можете дизассемблировать программу и, найдя механизм регистрации, вырезать его. А в реестре, скорее всего, ничего сделать нельзя. Потому что этот механизм зашит в самой программе. А проще будет зарегистрировать программу.

Да, есть способ - купить эту программу.