При запуске программ MS-DOS появляется окно с надписью: «C:\Windows\System32\Autoexec.nt. Системный файл не предназначен для выполнения приложений MS-DOS и Microsoft Windows». Программа работала до установки XP Service Pack 2, после его удаления ничего не поменялось…

Просто замените существующий файл файлом из дистрибутива[распаковав его оттуда]!

У вас испорчен или отсутствует файл Autoexec.nt. Необходимо распаковать его из дистрибутива Windows XP. Как это сделать - можете посмотреть на сайте Microsoft (http://support.microsoft.com/?kbid=324767) или на моей страничке, где можетезаодно и скачать эти файлы, если нет дистрибутива или леньраспаковывать: (http://comprad.narod.ru/XP/dosfiles.html).