Программа-чистильщик нашла 700 ошибочных записей реестра. Можно ли их все удалить? Система глючить не будет?

Можно, если Ваша программа делает резервную копию всего того, чтоудалит. В случае чего можно все вернуть назад.

Не исключено. Сначала backup реестра, либо точка отката, затем сносите.

Если вы не понимаете, что это за записи, то удалять следует с осторожностью. В большинстве случаев их удаление не влияет на стабильность системы, но все же сделайте перед удалением резервную копию этих записей (любой нормальный чистильщик реестра имеет функцию бэкупа).