Отвечает NEUROMOTOR:
В какую папку закачивается файлы? Может быть, эта папка используется другой программой, и периодически очищается. Удалите FlashGet полностью, подчищая реестр чистильщиком реестра. Установив заново, пробуйте скачивать файлы на стандартных настройках программы.