Отвечает Balakhchi:
Если речь идет только о каких-либо (только!) конкретных файлах, то можно составить простенький bat-файл, если же речь идет о системе в целом, то надо установить raid-массив, однако для этого нужен, как минимум, еще один винчестер.
Отвечает white:
Если флешка использовалась в качестве диска - она интенсивно изнашивалась (!). Судя по описанию, на флешке испортилась FAT, область которой изнашивается весьма интенсивно. Сейчас даже предусматривают изменение местонахождения FAT для более равномерного износа. Дело усугубляется, если флешка вытаскивалась без ее останова.