У нас LAN на 30 компов на некоторых стоят WIN98 на некоторых WINXP файловая система у всех FAT32. Как поставить пароль на расшаренную папку?

Используйте отдельные или встроенные в твикеры программы (пример - WinNER Tweak, имеющий функцию Folder Protector).

В Windows 98 пароль можно задать прямо в свойствах доступа к папке. В Windows XP - нужно прописать сетевых пользователей и в свойствах доступа дать разрешения конкретно только им.