Есть два харда по 80 Гб. На обоих стоят вентиляторы, но один из них греется, т.к. стоит над другим. Можно ли как-нибудь исправить эту проблему?

Так он быстро сгорит. Надо ставить систему охлаждения. Самому переделать крепление так, чтобы между ними был зазор.

Не должен он сильно греться. Может температура в корпусе велика? Самое лучшее - поставить один вентилятор перед винтами на передней стенке корпуса, если для него есть место. Это надёжней, меньше шума, улучшится общая вентиляция, не будет засасываться пыль в CD-ROM.