Как выключить в BIOSe встроенную звуковуху и включить звуковуху, которая через PCI?

Найти в БИОСе что-либо типа "Audio device" и запретить (Disable). Конкретно сказать, надо знать тип материнской платы и БИОС. PCI устройство станет само.

Многие BIOS'ы автоматически отключают встроенную звуковуху при установке внешней. Однако, можно найти в BIOS, в Integrated Peripherials опцию вроде Onchip sound или Onchip AC-97 и выставить её в Disabled.

Раздел Integrated peripherals. Там есть пункт AC97 Audio. Это и есть звуковая. Между прочим, они друг другу не мешают и отлично работают вместе.