Отвечает Юрий Александрович Пейсахович:
DVD привод на IDE, а винчестер на RAID, тогда БИОС будет видеть DVD, а для винчестера все равно. Светодиоды наверно, просто неправильно подключены, их закорачивание ни к каким последствиям не приводит. DVD и винчестер должны быть оба соединены с портами 80-жильными кабелями.