Подключаю CD-ROM к разъему IDE2 — система его не видит. Если подсоединяю к HDD, то СD-ROM виден.

На одном IDE-канале не должно быть двух одинаковых положений IDE-устройства: одно нужно выставить в режим MASTER, другой в режиме SLAVE.

На всякий случай можно посмотреть в BIOS - случайно не стоит ли "Disabled" на 2-й IDE-конроллер.