Подскажите пожалуйста, как визуально отличить PCI-E от AGP разъема?

Шлейф PCI-E раза в три короче.

Да, PCI намного меньше по длинне.

По цвету и длинне.

Разъём PCI-E x1 действительно, короче AGP примерно в 3 раза и на нём нет защелки, а вот PCI-E x16 (для видеокарты), наоборот, длиннее AGP и также имеет защёлку.

У AGP прорези в середине разъема. У PCI - одна и значительно ближе к передней планке. Плюс небольшой текстолитовый "клювик" перед контактной группой.