У меня система: Athlon 2000+ / k7vta3 / 512 RAM / HDD WD 1200JB. HDD разбит на 3 раздела: C: 88 Gb (NTFS), D:10 Gb (FAT32), E: 18 Gb (NTFS). Установлена Windows 2000 SP4. Диск D — системный. Влияет ли это на скорость системы? Если да, то насколько?

Влияет - поскольку система у вас находится в конце диска, в самой медленной его области. Насколько эта область медленнее, чем в начале - посмотрите, например, с помощью встроенного в программу AIDA32 бенчмарка.В вашем случае советую хотя бы перекинуть файл подкачки системы в начало первого диска и зафиксировать его размер снизу (только снизу, сверху не ограничивайте).

Влияет не то, какой буквой диск называется, а то, где физически расположены его дорожки. В "конце" диска скорость меньше. Однако с учетом кэширования влияние расположения данных нивелируется, до тех пор, пока вы не начинаете писать на диск большие объемы с большой скоростью, например, захватывать поток видео, скорость которого сравнима со скоростью диска.