Отвечает TU-154:
Попробуйте обновить BIOS материнской платы. А вообще данная функция завязана на аппаратный таймер материнской платы, так что возможен выход его из строя.
Отвечает Alexey:
В BIOS есть еще опция, разрешающая вообще пробуждение компа. В принципе, вот её надо активировать, от других источников отключить, оставить только опцию "по будильнику".