Всем известна прописная истина — по умолчанию канал ATA работает со скоростью самого медленного устройства. У меня такие девайсы: винт UDMA 2, винт Mode 4, писалка CD-R/RW тоже UDMA 2. Подключено всё это было таким образом: Primary Master: винт UDMA 2, Primary Slave: винт Mode 4, Secondary Master: CD-R/RW UDMA2, Secondary Slave: None.

Утверждение действительно не истинно - уже давно канал IDE не работает на скорости самого медленного устройства, хотя многие продолжают в это верить. Запись на маленькой скорости происходит, видимо, все-таки из-за скоростных ограничений винта. Раньше, я так понял, система у вас стояла на ныне почившем диске. А теперь и система на медленном диске, которая работает с файлами на нем и свопится, и поток на привод с него же идет, да и вечный PIO-режим тоже скорости никак не способствует.

Пустой праймери-мастер не есть хорошо. Переставь слэйв на мастер - получишь результат.