Отвечает Alexey:
Это, наверно, материнка виновата, у меня тоже со вставленной флешкой комп не хочет грузится, BIOS обрывается на полуслове и висит - только вынимаешь флешку, все идет своим чередом, как надо. И второе, что может быть- в BIOS может стоять порядок загрузки, начиная с USB внешнего винта, коим и видится твой кард ридер.