Отвечает Anri:
Винт с системой должен подключаться на крайний разъем шлейфа - проверь.
Отвечает mikev:
Два винта на одном шнурке живут мирно далеко не всегда - даже если они одной фирмой сделаны. Кардинальное решение - PCI IDE-контроллер.
Отвечает DarkKnight:
Попробуй в Bios отключить тот HDD, который ты подключаешь дополнительно. Win98 его все равно увидит и без Biosa. Но может это поможет.