Отвечает Alexey:
Установи себе программу, которая покажет тебе SMART атрибуты самодиагностики винтов. Скорей всего там начинаются проблемы с одним из винтов. Советую прогу Dtemp - показывает температуру винчестеров и наблюдает за SMART атрибутами, бесплатная, маленькая.
Отвечает Maximuses:
Можно воспользоваться программи HD Tune или HDDLife.